Theo đó, đối tượng áp dụng là Chủ đầu tư, ban quản lý dự án (BQLDA) do chủ đầu tư thành lập, BQLDA chuyên ngành, BQLDA khu vực sử dụng vốn đầu tư công được thành lập theo quy định tại các Nghị định của Chính phủ và các tổ chức, cá nhân có liên quan đến việc quản lý, sử dụng các khoản thu từ hoạt động tư vấn, quản lý dự án sử dụng vốn đầu tư công.

Các khoản thu theo Thông tư này gồm: Thu từ chi phí quản lý dự án của dự án được giao quản lý; thu từ thực hiện hoạt động tư vấn của dự án được giao quản lý; thu từ thực hiện hoạt động tư vấn, quản lý dự án cho dự án khác ngoài dự án được giao quản lý (theo hợp đồng); thu hợp pháp khác theo quy định của pháp luật (nếu có).

Việc quản lý và sử dụng các khoản thu như sau:
Chủ đầu tư, BQLDA do chủ đầu tư thành lập (trừ BQLDA chuyên ngành, BQLDA khu vực): Thực hiện cơ chế tài chính theo quy định của đơn vị được giao nhiệm vụ làm chủ đầu tư. Trường hợp cần thiết, chủ đầu tư phê duyệt riêng dự toán thu, chi chi phí quản lý dự án để thực hiện. Căn cứ vào nội dung, khối lượng công việc, trách nhiệm giữa chủ đầu tư và BQLDA, chủ đầu tư quyết định tỷ lệ phân chia khoản thu quản lý dự án giữa chủ đầu tư và BQLDA (nếu có). Tỷ lệ phân chia khoản thu quản lý dự án phải được ghi trong quyết định thành lập BQLDA hoặc văn bản giao nhiệm vụ cho BQLDA của chủ đầu tư.

BQLDA chuyên ngành, BQLDA khu vực: Sử dụng các khoản thu tại Điều 2 Thông tư này theo quy định tại Nghị định số 60/2021/NĐ-CP ngày 21/6/2021 của Chính phủ quy định cơ chế tự chủ tài chính của đơn vị sự nghiệp công lập và các văn bản hướng dẫn.

Đối với các khoản thu không tính vào chi phí đầu tư của dự án được giao nhiệm vụ quản lý: Chủ đầu tư, BQLDA phải thực hiện đăng ký, kê khai, nộp đầy đủ các loại thuế, phí và lệ phí theo quy định của pháp luật hiện hành về thuế, phí, lệ phí.

Về việc phân bổ chi phí quản lý dự án hằng năm: Trường hợp chủ đầu tư, BQLDA trực tiếp quản lý từ 02 dự án trở lên, hằng năm chủ đầu tư, BQLDA thực hiện phân bổ chi phí cho các dự án được giao quản lý, gửi cơ quan quản lý cấp trên theo nguyên tắc: 

Chi phí đã xác định để chi cho dự án cụ thể: Phân bổ trực tiếp cho dự án đó;

Chi phí không xác định được chi cho dự án cụ thể: Phân bổ theo tỷ lệ chi phí tương ứng với giá trị khối lượng nhiệm vụ, công việc quản lý dự án trong năm của dự án.

Về công tác quyết toán các khoản thu:
Đối với chủ đầu tư, BQLDA quản lý 01 dự án: Khi dự án được giao quản lý hoàn thành, chủ đầu tư, BQLDA lập báo cáo quyết toán chi phí quản lý dự án kèm theo chứng từ chi tiêu cùng hồ sơ quyết toán vốn đầu tư công dự án hoàn thành gửi cơ quan chủ trì thẩm tra quyết toán. Cơ quan chủ trì thẩm tra quyết toán xem xét các chứng từ chi tiêu đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ theo quy định đối với cơ quan hành chính và đơn vị sự nghiệp công lập để báo cáo người có thẩm quyền quyết định phê duyệt quyết toán vốn đầu tư phê duyệt chung trong quyết toán vốn đầu tư công dự án hoàn thành.

Đối với chủ đầu tư, BQLDA trực tiếp quản lý từ 02 dự án trở lên: Khi từng dự án được giao quản lý hoàn thành, chi phí quản lý dự án được quyết toán là tổng hợp các giá trị quyết toán chi quản lý dự án phân bổ hằng năm đã được cơ quan quản lý cấp trên phê duyệt (nếu có) của từng dự án.

Các chi phí (chi phí quản lý dự án, chi phí tư vấn và chi phí khác do chủ đầu tư, BQLDA tự thực hiện) của dự án do chủ đầu tư, BQLDA được giao quản lý: Được quyết toán tối đa không vượt giá trị được duyệt (hoặc điều chỉnh) trong tổng mức đầu tư (hoặc dự toán) của dự án.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 24/01/2022 và bãi bỏ các Thông tư sau: Thông tư số 72/2017/TT-BTC ngày 17/7/2017 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về quản lý, sử dụng các khoản thu từ hoạt động quản lý dự án của các chủ đầu tư, ban quản lý dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước; Thông tư số 06/2019/TT-BTC ngày 28/01/2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 72/2017/TT-BTC.