Khiếu nại là quyền hiến định của công dân được quy định tại Điều 30 Hiến pháp 2013, song việc thực hiện quyền khiếu nại phải tuân theo các quy định pháp luật, nhất là các quy định về trình tự, thủ tục khiếu nại. Việc khiếu nại phải có căn cứ, công dân chỉ có thể thực hiện khiếu nại trong trường hợp có cơ sở để cho rằng quyết định hành chính, hành vi hành chính của cơ quan hành chính nhà nước, người có thẩm quyền trong cơ quan hành chính nhà nước là trái pháp luật, xâm phạm trực tiếp đến quyền, lợi ích hợp pháp của mình. Điều 11 Luật Khiếu nại năm 2011 quy định 9 trường hợp khiếu nại sẽ không được cơ quan nhà nước thụ lý giải quyết, cụ thể:

Khoản 1 Điều 16 Nghị định 124/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định thụ lý giải quyết khiếu nại: "Trong thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được khiếu nại quyết định hành chính, hành vi hành chính, quyết định kỷ luật cán bộ, công chức thuộc thẩm quyền giải quyết mà không thuộc một trong các trường hợp được quy định tại Điều 11 của Luật Khiếu nại thì người có thẩm quyền giải quyết khiếu nại lần đầu hoặc lần hai phải thụ lý giải quyết.... Trường hợp không thụ lý giải quyết thì phải nêu rõ lý do trong văn bản thông báo cho người khiếu nại."

Khoản 2 Điều 7 Thông tư 05/2021/TT-TTCP quy định: "xử lý đơn khiếu nại thuộc thẩm quyền giải quyết nhưng chưa đủ điều kiện thụ lý giải quyết thì hướng dẫn người khiếu nại bổ sung thông tin, tài liệu để thực hiện việc khiếu nại theo quy định của pháp luật. Việc hướng dẫn được thực hiện theo Mẫu số 02 ban hành kèm theo Thông tư này". Như vậy, so với Thông tư 07/2014/TT-TTCP thì Thông tư số 05/2021/TT-TTCP đã bỏ quy định về việc trả lời cho người khiếu nại biết lý do không thụ lý giải quyết, đây là một trong những điểm mới của Thông tư 05/2021/TT-TTCP.

Tuy nhiên, việc phải ban hành văn bản hành chính (Công văn, Thông báo,...) để trả lời cho người khiếu nại biết lý do không thụ lý giải quyết thì mặc nhiên văn bản này là đối tượng của khiếu nại hành chính hoặc có thể là đối tượng khởi kiện của vụ án hành chính vì người khiếu nại cho rằng văn bản này đã gây ảnh hưởng trực tiếp đến quyền, lợi ích hợp pháp của mình. Vì vậy, người khiếu nại thực hiện quyền khiếu nại lần đầu đến người đã ra quyết định hành chính hoặc khởi kiện vụ án hành chính tại tòa án theo quy định của Luật Tố tụng hành chính. Do đó, trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, người được giao nhiệm vụ làm công tác tiếp công dân, xử lý đơn cần quan tâm đến các điều kiện để khiếu nại được thụ lý giải quyết, hướng dẫn người khiếu nại bổ sung thông tin, tài liệu để thực hiện việc khiếu nại theo quy định của pháp luật, nếu khiếu nại thuộc một trong các trường hợp không thụ lý giải quyết theo Điều 11 Luật Khiếu nại năm 2011 thì giải thích cho người khiếu nại hiểu về quy định pháp luật, vận động họ chấm dứt khiếu nại và hạn chế ban hành văn bản để trả lời.

Hơn nữa, Điều 28 Thông tư số 05/2021/TT-TTCP quy định các trường hợp được phép lưu đơn: "đơn không đủ điều kiện xử lý quy định tại điểm b khoản 2 Điều 6 của Thông tư này; đơn khiếu nại có quyết định giải quyết khiếu nại đã có hiệu lực pháp luật mà không thuộc trường hợp quy định tại Điều 38 Nghị định số 124/2020/NĐ-CP ngày 19/10/2020 của Chính phủ quy định chi tiết một số điều và biện pháp thi hành Luật Khiếu nại; đơn tố cáo đã có kết luận nội dung tố cáo và quyết định xử lý tố cáo đã có hiệu lực pháp luật mà người tố cáo không cung cấp được thông tin, tài liệu, chứng cứ mới". Như vậy, so với Thông tư 07/2014/TT-TTCP thì Thông tư này đã bỏ quy định xếp lưu đơn đối với đơn khiếu nại đã hết thời hạn, thời hiệu theo quy định pháp luật và đơn rách nát, tẩy xóa chữ không đọc được. 

Việc bỏ quy định xếp lưu đơn đối với "đơn khiếu nại đã hết thời hạn, thời hiệu theo quy định pháp luật" cũng là phù hợp theo quy định tại khoản 6 Điều 11 Luật Khiếu nại năm 2011 và nhằm bảo vệ quyền, lợi ích của người khiếu nại. Bỡi lẽ, thực tế việc xác định thời hiệu khiếu nại gặp không ít khó khăn vì đã xảy ra nhiều trường hợp người khiếu nại không thể thực hiện được việc khiếu nại theo đúng thời hiệu với nhiều lý do khác khau, trong đó có nguyên nhân "trở ngại khách quan" làm cho người khiếu nại chưa thực hiện quyền khiếu nại của mình. Do đó, trong quá trình tiếp nhận, xử lý thông tin người được giao nhiệm vụ tiếp công dân, xử lý đơn cần linh hoạt trong việc xác định thời hiệu khiếu nại, tùy từng trường hợp cụ thể để xem xét, xác định thời hiệu cho phù hợp, tránh để sót, để lọt, nếu người khiếu nại có lý do chính đáng thì cũng nên thụ lý giải quyết để đảm bảo quyền lợi chính đáng của người khiếu nại.

Tóm lại, Thông tư 05/2021/TT-TTCP của Thanh tra Chính phủ có nhiều điểm mới so với Thông tư 07/2014/TT-TTCP. Do đó, trong quá trình thực hiện nhiệm vụ, người được giao nhiệm vụ tiếp công dân, xử lý đơn cần nghiên cứu kỹ, vận dụng linh hoạt các quy định pháp luật và biện pháp nghiệp vụ để tham mưu đề xuất lãnh đạo đơn vị xử lý các đơn khiếu nại, tố cáo, kiến nghị, phản ánh theo đúng quy định, đặc biệt là đối với các đơn khiếu nại thuộc thẩm quyền giải quyết nhưng chưa đủ điều kiện thụ lý giải quyết.